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Nat Methods｜在计算生物学中应用可解释机器学习--陷阱、建议和新机遇

智药邦 2024-08-292024-08-29 18:15:47

机器学习，尤其是深度学习的最新进展，为计算生物学中的复杂问题提供了强大的预测模型。然而，随着模型复杂性的增加，解释这些模型的行为变得尤为重要。

13010

Nat Methods｜下一代人工智能在连接组学中的应用

智药邦 2024-08-292024-08-29 18:14:18

2024年8月9日，Nature Methods推出特刊《Embedding AI in biology》，重点介绍了创新的新方法（如生成式人工智能和大型语言模...

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Nat Methods｜生物学研究语言模型：简化版入门指南

智药邦 2024-08-212024-08-21 15:34:21

2024年8月9日，Nature Methods推出特刊《Embedding AI in biology》，重点介绍了创新的新方法（如生成式人工智能和大型语言模...

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Nat Methods推出特刊｜关注生物学中的高级人工智能

智药邦 2024-08-142024-08-14 21:13:45

2024年8月9日，Nature Methods推出特刊《Focus on advanced AI in biology》，介绍了基于人工智能的先进方法如何正在...

20210

Nat. Methods | 像t-SNE和UMAP一样看数据

DrugAI 2024-07-302024-07-30 16:20:55

今天为大家介绍的是来自Vivien Marx的一篇论文。降维有助于可视化高维数据集。使用这些工具时需要谨慎，并且要调整参数。有时，这些方法需要反复思考。

19910

Nat Methods | OpenFold：对AlphaFold2重新训练提供了关于其学习机制和泛化能力的新见解

DrugAI 2024-06-062024-06-06 11:21:06

今天为大家介绍的是来自Mohammed AlQuraishi团队的一篇论文。AlphaFold2凭借极高的蛋白质结构预测准确性，彻底改变了结构生物学。然而，其实...

24420

Nature Methods | 基因组学数据去卷积分析的挑战与展望

尐尐呅 2024-05-112024-05-11 16:50:38

去卷积是根据各种组学数据估计细胞类型丰度的有效方法。尽管近年来去卷积分析方法取得了重大进展，但挑战仍然突出。2024年2月，《Nature Methods》发表...

25710

Nat Methods | 谢晓亮课题组开发单细胞联合三维基因组和转录组测序技术解析嗅觉受体选择机制

生信宝典 2024-04-302024-04-30 17:32:03

嗅觉是我们基本的感觉之一，我们能够准确地识别各种的气味分子，这依赖于表达在嗅觉神经元表面的嗅觉受体。在哺乳动物中，嗅觉受体基因构成了最庞大的基因家族，在小鼠基因...

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Nat. Methods | 一个用于预测动态环境中全新蛋白-蛋白相互作用的平台

DrugAI 2024-04-282024-04-28 10:56:58

今天为大家介绍的是来自Ileana. M. Cristea团队的一篇论文。蛋白-蛋白相互作用（PPIs）推动细胞过程和对环境的反应，反映了细胞状态。在这里，作者...

22510

Nat. Methods | 评估GPT-4在单细胞RNA测序分析中进行细胞类型注释的应用

DrugAI 2024-04-192024-04-19 18:44:40

今天为大家介绍的是来自Wenpin Hou和 Zhicheng Ji团队的一篇论文。在这里，作者展示了大型语言模型GPT-4可以准确地利用单细胞RNA测序分析中...

24710

Nat Methods｜scGPT：利用生成式AI构建单细胞多组学基础模型

智药邦 2024-03-182024-03-18 11:35:57

2024年2月26日，来自加拿大多伦多大学的研究人员和微软联合在Nature Methods上发表研究scGPT: toward building a foun...

36810

Nat Methods｜AlphaFold预测是有价值的假设，可以加速但不能取代实验结构测定

智药邦 2024-03-052024-03-05 16:42:00

使用AlphaFold、RoseTTAFold和相关方法预测蛋白质结构的准确性大大优于前几代预测算法，这使人们对大分子的三维结构的理解更接近于实际。随之而来的一...

26910

空间转录组学习手册合辑

DoubleHelix 2024-03-042024-03-04 11:21:54

近年来空间转录组的各类平台层出不穷，其也被《Nature Methods》评为年度技术。这里我们整理了基于Stereopy、Squidpy、Seurat、Sca...

23911

从 Vue typings 看 “this”

三毛 2024-02-052024-02-05 14:59:27

在这个例子中，通过对 methods 的值使用 ThisType<D & M>，从而 TypeScript 推导出 methods 对象中 this 即是： {...

10010

Nat. Methods | 基于深度学习的RNA序列设计

DrugAI 2024-01-222024-01-22 11:08:39

今天为大家介绍的是来自Michiaki Hamada和Hirohide Saito团队的一篇论文。RNA工程在生物技术和医学领域有巨大潜力。尽管RNA工程非常重...

34010

Nat. Methods | 用于整合多模态数据的深度生成模型

DrugAI 2024-01-112024-01-11 14:05:36

今天为大家介绍的是来自Nir Yosef团队的一篇论文。作者提出了MultiVI，一种用于分析单细胞的转录组、染色质可访问性和其它分子特性的概率模型，这为研究细...

20010

Nat. Methods | 张阳团队开发远超AlphaFold2精度的蛋白互作结构预测算法

DrugAI 2024-01-042024-01-04 09:48:00

基因是构造生命的基本蓝图，而蛋白质则是生命功能的执行者和生命现象的体现者。细胞中的蛋白质主要是通过与细胞内其它蛋白质的相互作用来实现其绝大部分生物学功能。因此，...

96910

Cell Reports Methods | 深度几何分子学习

DrugAI 2023-12-192023-12-19 17:37:13

今天为大家介绍的是来自Jiawei Luo和Kelin Xia团队的一篇论文。分子表征学习在分子性质预测中扮演重要角色。现有的分子性质预测模型基于共价键的分子图...

44210

Nat. Methods | RoseTTAFoldNA准确预测蛋白质-核酸复合体

DrugAI 2023-12-122023-12-12 20:46:49

今天为大家介绍的是来自Frank DiMaio团队的一篇论文。蛋白质-核糖核酸（RNA）和蛋白质-脱氧核糖核酸（DNA）复合体在生物学中扮演着至关重要的角色。尽...

57010

Nat. Methods | 深度生成模型在单细胞 RNA 分析中的转录动态建模

DrugAI 2023-11-232023-11-23 14:42:39

今天为大家介绍的是来自Fabian J. Theis & Nir Yosef团队的一篇论文。当前估算 RNA 流速的方法缺乏有效的策略来量化不确定性并确定其对感...

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Nat Methods｜AlphaFold预测是有价值的假设，可以加速但不能取代实验结构测定

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